为完善学院标识系统，进一步凝练学院文化特色和学科特色，基础医学院于2016年6月起，面向全院师生及广大校友开展了“南京医科大学基础医学院院徽征集”活动。截至2016年11月，共征集到作品105件，经专业人员整合、优化和设计、教代会审议、院党政联席会及学系主任会讨论、全院公示等环节， 形成最终方案，基础医学院院徽于2017年3月正式启用。院徽将作为学院重要的标识，在一流学院建设中起到凝心聚力、文化认同的作用。
基础医学院院徽：
院徽释义：
院徽是学院文化的重要载体，是学院的重要标识之一，是学院办学思想的体现。基础医学院院徽外形为圆形，以蓝、白两色为基调，象征医学的纯洁神圣与生命的祥和安宁。
院徽中间的盾形图案，象征医学对于疾病的防御和对于人类的庇护。蛇杖是国际通用的医学标识，象征神奇的医术和中立的医德。DNA双螺旋结构是生命科学领域最重要发现之一，是生命科学的象征。标有中国传统文化特征的小篆字体“学海”字样的书籍，象征基础医学知识的渊博与浩瀚，同时与上方的蛇杖交相辉映，也寓意基础医学教育和研究坚持博古通今、学贯中西的理念；取“学海”二字与基础医学院迁至江宁校区后的主要教学科研场所“学海楼”相契合，“学海楼”在基础医学院发展史上具有里程碑式的意义。1934年是南京医科大学的建校之年，也是学校基础医学教育的起始之年。
院徽以地球为背景，寓意着基础医学院将加大国际化步伐，加强国际交流与合作，取得越来越大的国际影响力。
整个院徽寓示着基础医学院全体师生以严谨治学、护佑生命、追求卓越为己任，面向未来，不断前行。
