自1978年恢复研究生招生以来，基础医学院经过不断地实践和探索，研究生教育成绩卓然，培养了大批的高层次医学人才。
　 　近年来，学院多种措施并举，加强对研究生的培养，为创新人才的培养打造了良好的科研条件和浓厚的学术氛围。通过实施一系列卓有成效的举措，学院研究生招生规模显著扩大，研究生培养质量持续提升。现在，学院已逐步建立起一套学科门类齐全、学科优势突显、学科特色鲜明、学位类型多样、导师实力雄厚、培养质量坚实、管理体制健全的研究生教育体系。
　 　目前，学院共有2个博士后流动站、2个一级学科博士点、13个二级学科博士点，共有博士生导师61人、硕士生导师102人。在读博硕士研究生500余人。
　 　在2012年全国学位与研究生教育基础医学一级学科博士点评估中，学院综合实力排名全国第七。在2016年全国第四轮学科评估中，基础医学一级学科获评B+等级。基础医学一级学科同时为江苏高校优势学科建设工程一期、二期和三期项目立项学科。