南京医科大学基础医学院的办学历史可以追溯到1934年建校初期，当时即已开设人体解剖学、药理学、细菌学、寄生虫学、病理解剖学、法医学、医学史等多门医学课程。1958年初成立基础医学部。1994年更名为基础医学院。

学院党委坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，以高质量党建引领学院高质量发展，促进党建工作与事业发展深度融合。人体解剖学系教工党支部2022年通过验收成为“教育部第二批全国高校党建工作样板支部”，病原生物学系教工党支部2022年入选“教育部第三批全国高校党建工作样板支部培育创建单位”，学院党委2022年入选“江苏省首批党建工作标杆院系培育创建单位”，法医学系教工党支部2022年入选“江苏省首批党建工作样板支部培育创建单位”，获“江苏省高校党建工作创新奖”二等奖，“江苏省高校最佳党日活动优胜奖”“江苏省关工委优质化建设均衡发展优秀工作论文”一等奖等多项荣誉，涌现出“全国模范教师”“江苏青年五四奖章”“新时代江苏司法为民好榜样”“全省司法行政为民先进个人”“江苏省辅导员年度人物提名”“江苏省最美抗疫家庭”等一批先进个人。

在高质量党建引领下，学院高质量发展成果突出。在2012年教育部全国第三轮学科评估中，我院基础医学一级学科排名全国第七。在2016年教育部全国第四轮学科评估中，基础医学一级学科获B+等级（全国排名并列第八）。同时，我院基础医学一级学科是江苏高校优势学科建设工程一期、二期、三期和四期项目立项学科；生物学一级学科是江苏省“十四五”重点学科，2023年入选江苏高校优势学科（应用转型类）建设工程。

目前，基础医学院下设13个学系、1个国家级实验教学示范中心(基础医学)、1个国家级虚拟仿真实验教学中心（基础医学）、1个分析测试中心和4个管理办公室。现有2个一级学科博士点(基础医学、生物学)、2个博士后流动站、13个二级学科博士点、2个一级学科硕士点、13个二级学科硕士点；1个国家重点学科（药理学）、1个国家重点(培育)学科（病理学与病理生理学）、1个国家重点一级学科培育建设点（基础医学）、1个省一级学科重点（培育）学科（生物学）、1个省重点学科（生殖医学）；1个全国重点实验室、1个部级重点实验室、7个省重点实验室和工程研究中心，拥有一批国内先进水平的科研基地和实验技术平台。

学院现有教职工351人，其中专任教师248人，包括教授74人、副教授89人、博士生导师74人、硕士生导师55人。拥有国家杰出青年科学基金获得者4人、全国模范教师1人、全国优秀教师2人、国家海外高层次人才引进计划7人、 “新世纪百千万人才工程”国家级人选 3 人、国家优秀青年基金 6 人、江苏省特聘教授 16 人、江苏省“333高层次人才培养工程”49人。在加强师资队伍建设的同时，注重整合资源，形成团队优势。学院拥有江苏省双创团队3个、江苏省“青蓝工程”优秀教学团队2个。

学院承担全校各学制、各专业、各层次专业基础课和专业课教学工作，每年完成教学任务约4万学时。学院拥有国家级教学团队2个、江苏高校“青蓝工程”优秀教学团队2个；拥有2门国家级一流本科课程，3门国家级精品课程，1门国家双语教学示范课程，2门国家级精品资源共享课，1门国家级来华留学品牌课程，8门省级一流本科课程，1门省级课程思政示范课程，1门省级高校美育精品课程，10门省级英文授课精品课程，1门省级成人高等教育精品资源共享课程。基础医学和法医学两个专业获批国家一流专业建设点，基础医学拔尖学生培养基地成功入选国家基础学科拔尖学生培养计划2.0基地。

近5年来，基础医学、生物学学科获得国家级项目180多项，总科研经费21000余万元。其中，国家重点研发计划项目(课题)7项；科技创新2030课题2项；国家自然科学基金杰出青年基金项目1项，优秀青年科学基金项目4项，重点项目6项。发表包括在Cell、Nature、Cell Metab、Nat Immunol、Circulation、Nat Neurosci、Nat Cell Biol、ACS Nano、Advanced Functional Materials、Adv Sci、Am J Respir Crit Care Med、Autophagy、EMBO J、Gut、Hepatology、J Clin Invest、J Exp Med、Mol Psychiatry、Nat Commun等权威学术期刊上的高水平论文850余篇。获得教育部高等学校科学研究优秀成果奖（科学技术）二等奖1项、江苏省科学技术奖二等奖3项、江苏省高等学校科学技术研究成果奖4项。授权发明专利110多项，成果转化近20项。

踏上“十四五”发展新征程，学院全体教职工将继续秉承“厚德博学，笃行创新”的院训精神，坚持以学科建设为抓手，以制度创新为动力，以科学评价为导向，深化综合改革，推动内涵建设，提升综合实力，励精图治，攻坚克难，为助推国际知名、特色鲜明的高水平研究型医科大学建设而努力奋斗!