目前，基础医学院下设两个专业进行招生：基础医学、法医学。

基础医学教育始于1934年，逐步形成了完整的教学体系和课程设置。在此基础上，我校自2014年起开设基础医学本科专业，是江苏省内最早设立此专业的高校，至今已招收10届学生，为培养更多优秀的基础医学人才奠定了坚实基础。2017年依托国家重点实验室开始国重班招生培养，探索拔尖人才培养模式，2020年基础医学专业获批国家级一流专业建设点，2021年入选教育部基础学科拔尖学生培养计划2.0基地（全国11家），2023年开始招收基础医学（天元创新）学生，启动本博贯通培养，向基础医学拔尖人才培养迈出重要一步。基础医学院建成以国家级人才为引领的高素质师资队伍，现有专任教师248人，包括教授74人、副教授89人。拥有全国模范教师1人，省教学名师1人，国家高层次人才20余人次，江苏省级人才65人次。拥有生殖医学与子代健康全国重点实验室等10个国家级、省级科研基地和实验技术平台，科教融合，研学一体，助力基础医学拔尖人才培养。建成首批基础医学国家级实验教学示范中心、国家级虚拟仿真实验教学中心等教学平台。基础医学专业作为本校优势学科和临床学科发展的重要支撑，专业特色鲜明，建设成效显著，软科专业排名稳居全国前十，基础医学专业建设面向健康中国战略需求，积极响应国家“六卓越一拔尖”计划，以“立德树人”为根本任务，培养兼具家国人文情怀和全球国际视野，具备良好社会责任感与职业素养，拥有广博的人文社会科学知识和深厚的生命科学基础，能够潜心开展医学重大问题原创研究，德智体美劳全面发展的高素质、复合型、拔尖创新医学人才。

法医学科始建于1950年，是新中国法医学高等教育的发源地之一，有深厚的学科积淀。目前拥有法医学学士、硕士、博士学位授权点，2003年开始招收法医学本科生，是江苏省首家招收本专业的高校，逐步形成了特色鲜明的法医学专业人才培养基地。2019年遴选为江苏省一流专业，2020年遴选为国家级一流专业建设点。法医专业拥有10个国家级、省级科研基地和实验技术平台，科教融合，研学一体，自建有司法鉴定所人才实训基地，助力法医学高素质复合型人才培养；拥有南京市公安局法医中心等28家实力雄厚、技术力量领先的教学基地，集教学、科研、鉴定为一体，形成了“理论-实践-应用相互联系，教学-科研-服务相互促进”的办学特色，成为法医学人才培养基地，依托实习基地的优质师资，组建“双师型”教学团队和产教融合特色基层教学组织；注重教学改革，依托国家级基础医学教学实验示范中心、法医学虚拟仿真教学平台，创新性提出法医人才培养模式-“F-RIGHT”全周期法医学司法鉴定实践导向人才培养模式，采用导师制、个性化情景式教学方式，采用进阶式学业评价、综合技能考核，提升学生司法实践和创新能力。法医专业特色鲜明，建设成效显著，软科专业排名稳居全国前十，作为学校的优势特色专业之一，法医学专业在学校专业体系发展和人才培养工作中占据重要地位，为学校赢得了良好的社会声誉和学术影响力，为更高水平法制中国和平安中国的建设培养了大批高素质法医人才。