基础医学院近年来加快创新平台、创新团队、创新机制的建设，加强基础与临床结合、科学研究与成果转化结合，强化科研队伍建设，完善科研管理政策，深化科研体制改革，在科研工作方面取得了显著的成绩。

       学院现有国家卫生健康委员会抗体技术重点实验室、江苏省心血管病分子干预重点实验室、江苏省人类功能基因组学重点实验室、江苏省异种器官移植重点实验室、江苏省现代病原生物学重点实验室、江苏省神经退行性疾病重点实验室、江苏省生殖医学重点实验室、江苏省基因表达工程研究中心等8个省部级重点实验室/研究中心，其中江苏省心血管病分子干预重点实验室为国家重点实验室培育建设点。学院也是生殖医学国家重点实验室的主要依托单位。

       近5年来，学院获得国家级项目近200项，总科研经费23000余万元。其中，国家重点研发计划项目（课题）8项；科技创新2030课题3项，“重大新药创制”科技重大专项1项；国家自然科学基金杰出青年基金项目1项，优秀青年科学基金项目3项，重大项目1项，重点项目7项。在Circulation、Nat Neurosci、Nat Cell Biol、Mol Cancer、Gut、Am J Respir Crit Care Med、Hepatology、Adv Sci、Mol Psychiatry、Nat Commun、Circ Res等权威学术期刊上发表高水平论文915篇。获江苏省科学技术奖二等奖3项，江苏省高等学校科学技术研究成果奖4项。授权发明专利67项，PCT发明专利1项。

       学院科技服务获得经费5900万元。