2005年，学院集全院之力，在综合考虑了未来五年学院所处的发展阶段、发展趋势、发展条件和面临的困难与挑战后，制定了基础医学院“十一五”发展规划。规划从实际出发，提出了符合学院情况的发展目标以及实现目标的具体策略和措施。
教学：除了顺利完成日常教学任务外，学院还以讲课竞赛、督导组听课、教学导师制等形式为切入点，从多个角度出发提高教师教学质量，并已见成效。2005年，《医学机能实验学》成功入选国家级精品课程，在我校课程建设工作上具有里程碑的意义。2007年《人体结构学》、2008年《医学形态实验学》相继获国家级精品课程。2006年医学形态实验室获国家级实验教学示范中心。续生物技术专业招生后，2006年学院生物医学工程专业正式招生。
科研：2005年，学院的纳米中心被批准为卫生部抗体技术重点实验室。2007年，获批成立江苏省神经退行性疾病重点实验室。在国家自然科学基金资助项目方面，学院由2001年的7项，逐年递增至2005年的14项，2008年又增至18项，其中国家自然科学基金重点项目1项。在发表SCI论文方面，学院由2001年的5篇，逐年递增至2005年的50篇，2008年又增至74篇；此外，学院获得部省级科技进步一等奖3项，二等奖5项；获得国家发明专利16项，在国内同类学院中产生了广泛的影响。
研究生培养：2005年，由江苏省教育厅和江苏省学位办主办、我校承办的“现代生物医学发展与创新”—2005年江苏省博士研究生学术论坛获得圆满成功，学院承担了论坛的组织工作。此次博士论坛获得了与会专家及博士研究生的一致好评，扩大了宣传，提升了我校的影响力。在2006年国家第十轮学位点申报中，学院新增一级学科硕士点2个（生物学、生物医学工程），提高了学院整体竞争实力。截至2008年12月，在读的硕士研究生304人、博士研究生125人。
学科建设：2006年，学院省重点学科由原有的3个（病理学与病理生理学、药理学、病原生物学）增加到5个（增加人体解剖学与组织胚胎学、生殖医学），其中，病原生物学、人体解剖学与组织胚胎学被遴选为江苏省国家重点学科培育建设点。2006年7月，外语部改名外国语学院，独立建制。2007年，药理学被遴选为国家重点学科；2008年基础医学被评为江苏省一级学科重点学科。
目前，学院拥有2个博士后流动站、1个一级学科博士点、10个二级学科博士点,3个一级学科硕士点、16个硕士点；2个国家重点学科培育建设点、5个省重点学科；1个国家重点实验室、1个部重点实验室、1个省部共建重点实验室、7个省重点实验室和工程研究中心。
学院现有教职工375人，其中教师254人，教辅91人。在254名教师中，有教授63人、副教授48人，博士生导师47人、硕士生导师32人，206人具有博士学位(81.1%)、236人具有研究生学历(92.9%)。
新的机遇、新的挑战。学院将秉承七十余年优良传统，恪守“博学至精,明德至善”的校训，在新的征程上阔步前进。
