1994年5月20日，基础医学部正式更名为基础医学院，朱启锭任院长，陈新耕任党总支书记，全院有16个教研室，教职员工303人。
1999年、2002年、2003年基础医学院按照学科特点和发展需要先后进行了3次调整组合。2003年7月化学教研室划分到药学院，体育部独立建制。如今的基础医学院由11个系、1个部、2个教研室、2个综合教学实验室、1个省部共建实验室（挂靠）、4个省级重点实验室和工程研究中心（挂靠）、3个研究所、2个研究中心、3个办公室及康本医学检测所组成（参附表）。拥有教职员工258人，其中教授29人、副教授42人，博士生导师26人、硕士生导师32人。
经过改革开放特别是“部改院”后的发展，基础医学院在各方面都取得了长足进展。在教学上，基础医学院承担了全校各学制、各专业、各层次、各形式的公共课和基础课的教学工作，开设了34门必修课、20门选修课，每年承担5万多学时的教学任务；在科研上，近5年承担省、部级以上研究课题200多项，共获经费2000万元，在国内外各种期刊上公开发表论文1000多篇，其中SCI论文125篇；在学科建设上，已拥有1个博士后流动站，1个一级学科博士点，10个二级学科博士点，15个硕士点，3个省级重点学科；在人才培养上，继续承担全校各专业、各层次学生的公共课和专业基础课的教授，同时经过充分论证，2003年基础医学院医学司法鉴定、临床病理、医学英语3个专业方向正式招生。目前学院除了全面负责本学院学生管理外，还负责临床医学本科及七年制学生的前三年管理工作，现在院博士生63人、硕士生161人、本科生2310人。在对外交流方面，学院先后和国内外20余所科研院所建立了联系，聘请客座和兼职教授，开展各项合作。在2003年全国学位与研究生教育基础医学一级学科整体评估中，基础医学院综合排名全国第八，其中学术队伍排名第一，进入国内先进行列。
2003年9月，基础医学院实验室搬入了设备先进、布局合理的科研综合大楼——先知楼，我院的科研硬件有了新的改善。同时，江宁新校区一期工程业已完工，学校的办学空间得到了扩展，我院的发展也得到了进一步的延伸。
2004年11月，学校接受教育部本科及七年制教学水平评估，并以双优秀成绩通过评估。基础医学院展示出更加蓬勃向上的发展势头。
